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特別の機関（とくべつのきかん）とは、内閣府、各省、及びこれらに外局として設置されている委員会または庁に、特に必要がある場合に設置される機関の総称である。「の」を省いて「特別機関」と略する例はなく、必ず「特別の機関」と称される。
専門色が強く相当の規模を要する行政分野で「省」に格上げするほどでないものは「庁」として設置されるが、外局である「庁」とするまでに至らない「準外局」的な組織を設置したいときにこの「特別の機関」とすることが多い。このほか、委員会・審議会など合議制機関のうち特に重要なものを高い格付けにするために特別の機関とする例もある。
変遷
「特別の機関」という種別が作られたのは、1984年7月1日に国家行政組織法改正が施行されて以降である。それまでは、府・省及びこれらの外局として設置された委員会・庁には、「附属機関その他の機関」を個別の法律の規定に基づいて附置することができるという法制になっていた。審議会、研修所、病院など、多種多様な機関が整理されないままに「附属機関その他の機関」として扱われていた。
1984年の法改正においては、これら「附属機関その他の機関」を、「審議会等」、「施設等機関」、「特別の機関」の3種に区分した。さらに、審議会等、施設等機関の2種については、その軽重に応じて法律に設置の根拠を規定するものと政令に設置の根拠を規定するものとがありうるように改めた。特別の機関については従来の「附属機関その他の機関」と同様、法律に設置の根拠を置かなければならないものとした。
警察庁の位置づけ
この法改正までは、警察庁の位置づけについて行政法学者の中でも意見が分かれていた。法改正によって、国家公安委員会の特別の機関であると整理されるにいたった。なお、警察庁が独立の官庁であると仮定すれば、警察庁に置かれている警察大学校及び科学警察研究所は施設等機関に、皇宮警察本部は特別の機関にそれぞれ相当することとなる。実際は、警察庁自体が外局ではなく特別の機関なので、これら、警察大学校、科学警察研究所、皇宮警察本部には施設等機関や特別の機関という用語は使用することができない。警察法上は、従前通りの附属機関という用語を使用している。
独立行政法人への移行
なお、独立行政法人制度が創設されて以降、特別の機関だった組織が独立行政法人に移行する例がある。財務省の特別の機関だった造幣局及び印刷局は改組され、独立行政法人造幣局及び独立行政法人国立印刷局となり、通商産業省の特別の機関だった工業技術院は、経済産業省産業技術環境局と独立行政法人産業技術総合研究所に業務を承継した。
特別の機関の例
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